Esta cofradía malagueña estuvo desde un principio muy ligada a la orden de los Trinitarios Descalzos, establecidos en Málaga hacia 1634. El asentamiento de estos religiosos no estuvo exento de dificultades y presiones desde otras órdenes ya existentes en la ciudad. A pesar de todo en 1664, el Obispo Diego Martínez Zarzosa autoriza la apertura del convento de los Trinitarios Descalzos bajo la advocación de María Santísima de Gracia, llamado popularmente el Conventico. En esos momentos existía un verdadero peligro en toda la zona de litoral procedente de las incursiones y apresamientos de población que hacían los piratas berberiscos para lo cual exigían rescates, ese fue uno de los principales fines de los Trinitarios Descalzos junto con otras órdenes caso de los mercedarios utilizando Málaga como centro marítimo estratégico. En 1682 los Trinitarios rescatan de la ciudad marroquí de Mámora una imagen de Jesús Nazareno llamada desde entonces del Rescate o Rescatado. Sin duda, al amparo del convento y de las actividades de los Trinitarios Descalzos, se funda hacia finales del siglo XVII la Hermandad del Rescate.

Desde un principio la vida de la Hermandad del Rescate se halló muy unida al convento y como tal sufrió la exclaustración de los Trinitarios Descalzos, durante la primera mitad del siglo XIX, del Convento de María Santísima de Gracia, el Conventico, situado en pleno centro de la ciudad y desaparecido posteriormente por reformas urbanísticas. A partir de entonces la Hermandad se muestra itinerante en busca de una sede. Se sabe que marchó hacia la cercana Iglesia parroquial de San Juan donde inicia la redacción de sus Estatutos en 1894, pues existe constancia de su salida procesional de 1892 a1896, pero dicha estancia fue bastante efímera ya que los siguientes datos la sitúan en la Iglesia de Santo Domingo, donde su Hermano Mayor, Joaquín Fernández Soler, presenta en 1902 los Estatutos de 1894 para su inscripción en el Gobierno Civil.

En el año 1924, se produce la reorganización de la Hermandad por parte de Gregorio Cruz Gómez y sería admitida en el seno de la Agrupación de Cofradías, saliendo el Miércoles Santo junto a la Cofradía Amargura. La vida en el Convento de Santo Domingo se desarrolla entre el enriquecimiento del patrimonio con un grupo escultórico de Pío Mollar compuesto por Judas, un soldado romano y un sayón en 1927 y la elección de nuevo Hermano Mayor en la persona de Rafael Arana Lozano. Sin embargo esa bonanza se trunca, como en otras muchas cofradías, con los sucesos de 1931 que hacen desaparecer todos los enseres procesionales, la imagen del Cristo y todas las figuras que le acompañaban.

No será hasta 1949 cuando gracias al entusiasmo de Antonio Rojo Carrasco se reorganiza la Hermandad en la Parroquia de Santiago, trasladándose las imágenes oficialmente en 1951 a la pequeña capilla callejera sita a la entrada de calle Agua (actual sede canónica) desde entonces indisoluble con la Hermandad, capilla desocupada en aquellos años, únicamente abierta los jueves y viernes santos para exponer una Dolorosa. Actualmente, Capilla y Cofradía, pertenecen a la victoriana parroquia de San Lázaro. Ocupó el cargo de Hermano Mayor, Antonio Rojo Carrasco.

Una vez reorganizada la Hermandad, se asiste a una etapa de resurgimiento dentro de los siempre presentes apuros económicos, destacando el reingreso en 1950 en la Agrupación de Cofradías, la bendición de la nueva imagen del Cristo en 1951, obra de Teodoro Simó Carrillo y la de la Virgen, de Campos Serrano, a pesar de lo cual sale una imagen de Jesús del Rescate de Campos Serrano. En 1952 se estrena un trono de Pérez Hidalgo para el Cristo. En 1954 se bendice la nueva imagen del Cristo, obra del imaginero Castillo Lastrucci. Del mismo autor es la imagen de María Santísima de Gracia, bendecida en Diciembre de 1956 y procesionada en 1957 en un trono nuevo de Pérez Hidalgo. El trono del Cristo lo componen ocho figuras: San Juan, San Pedro, Santiago, Judas, dos romanos y dos sayones. La ardua labor de reconstrucción de los enseres procesionales no se detiene y en 1962 sale bordado entero el manto de María Santísima de Gracia, obra de las monjas de San Carlos.

Como si en el mundo cofrade malagueño un ciclo finalizado diera paso a otro que comienza, se produce en 1975 el nombramiento de José Luis Gea Entrambasaguas como nuevo Hermano Mayor a la par que se incorporan jóvenes a la Hermandad y la mujer a la procesión. Ese mismo año Antonio Martín Fernández realiza el nuevo trono barroco que estrena el Cristo. Son años de renovación y resurgimiento de la Semana Santa malagueña, la Hermandad del Rescate estrena en 1979 el dorado del trono del Cristo, obra de Antonio Díaz Fernández y Banda de Cornetas y Tambores. En 1980 se cumple el sueño de muchos hermanos al inaugurarse la Casa Hermandad situada en la misma calle Agua. En 1981 son aprobados nuevos estatutos. En 1982 se restaura la imagen de la Virgen por Luis Álvarez Duarte que estrenaría un nuevo trono en 1986, de estilo gótico, único en la Semana Santa de la capital, obra de Antonio Martín Fernández. En 1987, el trono de la Virgen estrena arbotantes.

En Diciembre de 1987 es elegido Hermano Mayor Francisco Javier Luque Berlanga, durante cuyo mandato se restaura la Capilla, se construye una nueva Casa-Hermandad en la misma calle Agua pero en el número 15 y se realizan nuevos enseres.

En el verano de 1998 Rafael Recio Romero accede al cargo de Hermano Mayor, debiendo afrontar como primer gran reto la celebración del Cincuentenario de la reorganización de la Hermandad (1949-1999), quedando para la posteridad la realización de un cartel conmemorativo, un libro con la historia de la Hermandad y el regalo de muchos hermanos y devotos de unas potencias para Jesús del Rescate y un resplandor para María Santísima de Gracia, ambas piezas realizadas en Orfebrería Triana.

Durante el año 2000, Jesús del Rescate participó en el Vía Crucis Jubilar que se celebró en Málaga para conmemorar el 2000 aniversario del nacimiento de Jesucristo. Igualmente se estrenaron las potencias y el resplandor anteriormente comentados. El trono de Jesús del Rescate fue restaurado en el taller de Manolo y Antonio, Doradores y el trono de María Santísima de Gracia fue ampliado por Antonio Martín Fernández.

La gran novedad para el Martes Santo de 2001 es el estreno de una Toca de sobremanto, realizada por Joaquín Salcedo sobre diseño de Fernando Prini. Además, la talla de la ampliación del trono de la Virgen sale completamente terminada y algunas de las figuras de las capillas estofadas y policromadas por Manuel Carmona. El cartel anunciador de la Semana Santa malagueña editado por la Agrupación de Cofradías de Semana Santa elige una obra de Eugenio Chicano que representa a la Virgen de Gracia.

En 2002 podemos destacar destacar el estreno del dorado del cajillo del trono de María Santísima de Gracia obra del taller de Antonio y Manolo doradores; la ampliación de los arbotantes delanteros realizado por Cristóbal Martos y policromía de las figuras del trono de María Santísima de Gracia (Manuel Carmona); se introdujo un "submarino" en el trono del Cristo y sonaron las campanas de los tronos realizadas en la fundición Rosa de Torredonjimeno (Jaén). Nuestra Virgen de Gracia lució en su pecherín la Medalla de Oro de la Agrupación de Cofradías que recibió nuestro hermano Antonio Rojo Carrasco.

Para el año 2003 se engalanaron los balcones de calle Agua con faldones de terciopelo con los colores de la Hermandad y en el trono de nuestra Titular se completaron las tallas de las capillas y se restauraron los arbotantes traseros. No obstante, la lluvia frustró las ilusiones de todos nuestros hermanos. En junio de ese año es elegido nuestro Hermano Mayor, Rafael Recio Romero, como presidente de la Agrupación de Cofradías.

En el año 2004, las novedades para la salida penitencial eran muchas, destacando sobradamente los trabajos de conservación realizados a las tallas de nuestros Sagrados Titulares, realizadas Beatriz Prado Campos, hechos que venían a conmemorar el L Aniversario de la talla de Nuestro Padre Jesús del Rescate que realizara el escultor don Antonio Castillo Lastrucci en 1954. Más novedades fueron la restauración de la túnica procesional de Nuestro Padre Jesús del Rescate y la realización del estandarte procesional de María Santísima de Gracia realizadas por Joaquín Salcedo Canca, que posee en su óvalo central un óleo de la Virgen pintado por Leonardo Fernández; y confección de un escapulario para Nuestro Padre Jesús del Rescate según diseño y realización de Joaquín Salcedo.

Este año 2004 vino marcado por la conmemoración del L Aniversario de la realización de la talla de Jesús del Rescate por el escultor Antonio Castillo Lastrucci. Para conmemorar tal evento, la Hermandad organizó un amplio programa de actos que contenía solemne traslado de Nuestra Sagrada Titular, María Santísima de Gracia, a la capilla, tras los trabajos de restauración, tras la imposición de la ceniza, por nuestro Director Espiritual, Rvdo. P.D. Antonio Munsuri Cuesta, C.P. el 25 de febrero, festividad del Miércoles de Ceniza. El 5 de marzo, festividad de Jesús de Medinaceli, la restauradora del Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico, Beatriz Prado Campos, expuso los trabajos de intervención y restauración de la talla de Nuestro Padre Jesús del Rescate y María Santísima de Gracia. A continuación se presentó oficialmente el Programa de Actos y Cartel Conmemorativo de la efeméride realizado por el pintor Eugenio Chicano. El 19 de marzo, Festividad de San José, se presentó el nuevo Estandarte de María Santísima de Gracia, diseño de Fernando Prini, óleo de Leonardo Fernández y Remate de orfebrería realizado por Cristóbal Martos, también la restauración de la Túnica Procesional de Nuestro Padre Jesús del Rescate, ambos trabajos realizados en talleres de  Joaquín Salcedo. Posteriormente fue presentado por José Manuel Luque Jaime un CD interactivo que bajo el nombre de "RESCATE" recoge en una obra multimedia toda la historia y contenidos de nuestra Hermandad. La distribución será personalizada y entregada, a cada hermano, con el número de hermano en las dependencias de la Hermandad.

De cara a la salida procesional del Martes Santo del año 2011, los estrenos y novedades consisten en la realización de una limpieza y consolidación del bordado, ampliación y pasado a nuevo terciopelo del manto de procesión María Santísima de Gracia elaborado por el taller de bordado de Joaquín Salcedo Canca; reformas y plateado en arbotantes y barras de palio y en la estructura de la toldilla del techo de palio del trono de María Santísima de Gracia; y limpieza de las tallas de Ntro. P. Jesús del Rescate y María Santísima de Gracia realizado por Beatriz Prado Campos.